命令行后台执行

关键词:nohup 后台执行
Keywords: nohup background excute stop

常用的脑影像数据分析和遗传数据分析工具往往采用命令行的方式,用户通过Terminal执行命令行以完成相关数据分析,这种方式可以满足通常情况的需求。在一些特别的情况下,你可能会需要将命令行提交到后台执行,以避免一些意外的情况:

  1. 通常情况下,Terminal和执行的命令是绑定的,即如果在执行程序过程中意外关闭的执行该程序的Terminal,改程序的执行会一起终止。
  2. 通过Terminal访问服务器,在服务器上执行程序时,如果意外出现网络中断,相应的程序也会因此而终止。

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十年

十年,总不免让人觉得有些特别;2010年代匆匆过去,也不免引发一些思考。

2010年,我开始攻读博士学位。9月份是正式入学的时间,然而那时我已经进实验室参与研究项目近一年。由于是非心理学科班出身,对我而言,很多事情都是从零开始,更多的时候是给实验室师兄师姐打下手,比如:看被试、做被试。不过通过这些参与和平时的组会(实验室的组会真是一个重要的学习渠道),潜移默化中还是对心理学和认知神经科学的专业名词、实验设计、数据采集、常用统计分析有了一些理解。我更多的兴趣在脑影像数据分析,期初的梦想是基于多元统计和机器学习手段实现《阿凡达》中的类似人机交互(当时还是太年轻)。实验室Z老师带我们学习脑成像原理学习、多元统计、计算神经科学和脑影像分析方法,在这个过程中获得了很多的训练,给以后的工作打下了必要的基础。就这样慢慢对认知神经科学的研究问题和手段有了越来越清晰的认识。2016年顺利获得博士学位,博士学位论文被评为“北京师范大学优秀博士学位论文”,为博士学习阶段画上一个完美的句号。

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Google AdSense多账号问题解决方案

原则上Google限制同一个用户仅可拥有一个AdSense账号。如果在以往尝试使用不同的gmail邮箱多次注册Google AdSense账号,通常会碰到多账号问题,即类似You have an adsense that already exists的问题。Google官方给的解决方案是登录AdSense账号后,选择取消相应的账号。但是,如果用户多次申请的账号都未通过审核,用户是不可能通过登录相应的AdSense账号来完成相关账号的取消的。于是,便陷入了一个死循环的状态:由于多账号问题无法通过审核<—>由于未通过审核无法取消申请账号。

经过一些周折,找到一个间接的解决方案,这里记录备查。

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添加Google AdSense到Hexo博客

最近费了一些周折,终于解决了困扰已久的You already have an existing AdSense account问题。Google AdSense通过了审核。下面记录一下添加Google AdSense代码到基于Hexo博客的解决方案,一是备查,二是没准可以帮到新手。

Hexo博客,使用了maupassant模板。如果是别的模板,解决方案应该也可以参考。

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我的黑洞计划:刻画强迫症中的脑不对称性异常

先放论文信息,方便查阅原文。
Kong, Xiang-Zhen, et al. “Mapping Cortical and Subcortical Asymmetry in Obsessive-Compulsive Disorder: Findings from the ENIGMA Consortium.” Biological Psychiatry. DOI | 全文链接

这是我完成的第二个ENIGMA项目,是偏侧化工作组和强迫症工作组的合作项目。这个项目涉及来自全球16个国家的46个数据集:16个儿童和青少年样本(501病例+439健康对照)和30个成人样本(1777病例+1654健康对照)。我们得到近140名研究者的贡献和支持,通过多中心合作研究,描绘了强迫症与脑结构偏侧化之间的初步关联。

脑结构不对称性与强迫症多中心合作

下面是一个中文摘要。

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脑科学相关SCI Top期刊_2018

近日,最新的中科院JCR期刊分区发布,其中关于期刊的分区和是否为Top与去年大致相同,不过还是发生了一些小的变化。比如,Nature Communications和PNAS被划分为2区期刊,其中Nature Communications不在作为Top期刊,PNAS作为2区Top期刊;Human Brain Mapping划分为2区非Top期刊。

下面是脑科学(神经科学、认知神经科学和神经影像)相关同行通常会提到的期刊的最新信息。

SCI Top 期刊

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记第一个Shiny应用obsBrain

Shiny是一项RStudio开发支持的交互式网页技术,基于此技术,可以用R语言相对轻松地实现交互式网页应用。由于其轻便、易学和交互式特点,该技术尤其适用于在学术发表的同时,交互式呈现数据科学分析结果,以方便读者更好地查看和理解研究方法和研究结果。
在以往自己的数据计算中,Python占了主导。不过从2016年下半年到现在的实验室之后,更多的时候采用R完成数据计算,深知其便捷性。期间对Shiny也有一些接触,不过属“点头之交”:大致晓得其基本功能,但没来得及深入学习。于是,趁着圣诞和新年假期,具体学了一下Shiny应用的实现,并结合目前的研究兴趣得到的第一个应用。
obsBrain

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研究前沿论文先睹为快

这是一个“快”时代,科学研究也不例外。以心理和脑科学研究学术发表为例,在过去几年,越来越多的研究者选择将科研论文在正式发表之前,先以预印本Preprint的形式上传到Preprint平台上。采用这方式,科研成果往往可以提前1年,甚至更长时间让领域同行公开获取,一方面加快科研成果的流通交流,促进领域发展;同时,也有利于确立研究成果的首发权。目前被领域相对认可的Preprint平台(和中国的Preprint平台)见文后列表。

笔者注意到,一些期刊开始向读者提供一项免费的“先睹为快”服务,即在作者同意的情况下,将处在审稿中Under Review的论文提供给读者公开获取。

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脑科学期刊最新影响因子和中美差距

近日,最新的学术期刊影响因子(基于2015-2017年3年的期刊文章引用数据)发布,虽然大家一再强调,要淡化影响因子在科研评估中的份量,但是每年影响因子的起伏就好像股票的跌涨,还是牵动着众多研究者的心
新的影响因子系统还提供了引用贡献最多的文章排名、国家或地区排名,以及大学的排名,可以看到很多有意思的信息(比如,在科学研究方面,中国大陆发展迅猛,但中美差距还很大(巨大!)。一方面要加大科研投入,同时可能还要韬光养晦)。下面是一些脑科学相关(包括神经科学、认知神经科学和神经影像,以及一些综合期刊)期刊的最新影响因子信息。

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多中心合作与脑科学研究 由最近一篇文章想到的

按照惯例,先放上论文的信息,方便查阅,也请多多指教。
Kong, X., Mathias, S. R., Guadalupe, T., ENIGMA Laterality Working Group, Glahn, D. C., Franke, B., Crivello, F., Tzourio-Mazoyer, N., Fisher, S. E., Thompson, P. M., & Francks, C. (2018). Mapping Cortical Brain Asymmetry in 17,141 Healthy Individuals Worldwide via the ENIGMA Consortium. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Advance online publication. doi:10.1073/pnas.1718418115

脑皮层偏侧化研究中的多中心

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学术发表用高质量图片保存

在学术论文发表中,不同期刊对图片质量的要求通常有所差异,比如,并不是每个期刊对图片质量的要求都是300ppi。在学术写作中,关于如何保存高质量图片有一些小trick,写在这里方便查询。

准备工作:

  • 期刊对分辨率的要求:一般情况下300ppi可以满足出版要求,不同期刊针对不同类型的要求有所不同。通常对统计作图的线条或柱状图的要求高一些(比如1000ppi),对图片要求低一些(比如300ppi或600ppi)。

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Retreat是什么会议?

计划5月中旬去New York参加Society of Biological Psychiatry(SOBP)的Annual Meeting。以往主要关注像OHBM这种脑影像相关的国际会议,这是第一次参加这个生物精神病学的会议。今年SOBP Annual Meeting的主题是“Biomarkers, Biomodels, and Psychiatric Disorders”。在此期间,ENIGMA在New York计划组织了一次小型会议,命名为ENIGMA Annual Retreat,因此,最近也在收集参会人的信息。这里涉及到一个生词Retreat(我词汇量也有限),于是心生疑问,这个Retreat和Meeting/Conference有什么区别?

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unzip解压压缩包中指定的文件

近年来,开放科学Open Science在学术圈得到越来越多的关注。在开放数据方面,研究者开始接受将采集的数据在线共享,同时越来越多的研究者开始基于在线共享的数据开展研究。

研究者通常以压缩包的形式将数据上传到网络。而在其他研究使用公开共享的数据开展研究时,由于通常情况下,该数据并非为其设计和采集,数据使用者需要将所有数据下载,并解压所有数据文件。有些时候(比如,用个人的笔记本下10几G的HCP数据),下载的压缩包本身就很大,如果全部解压,将会占用更多硬盘空间(然而,我硬盘空间不够解压所有数据了。。)。碰到这个问题,解决方案可以是将数据copy到另一台电脑或服务器,全部解压后,挑选需要的数据;另一个方案可以考虑选择性的解压一些需要的文件。本文就是笔者在使用HCP数据时,由于碰到Mac空间有限的问题,找到的解决方案。

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脑科学相关SCI Top期刊_2017

在学术成果评价中,经常会提及SCI Top期刊。SCI Top是中国科学院文献情报中心发布的中科院期刊分区中的一些排名靠前的期刊,紧随其后的期刊一般标签为SCI2,SCI3和SCI4区期刊。所谓SCI Top实际上是包括了SCI1区的期刊和部分SCI2区的期刊,其中SCI1区大致定义为领域排名前5%的期刊。由于一些领域期刊数量有限,导致SCI1区期刊屈指可数,导致SCI1区在实际的学术成果评价中可用性不大;可能是出于这一原因,中科院期刊分区单独定义了SCI Top期刊,以涵盖更多领域认可的期刊。

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Look Back:颞平面不对称性 Planum Temporale Asymmetry

颞平面(planum temporale)是位于颞上回(superior temporal gyrus)后部背侧皮层的一个三角形区域,其左侧脑区与经典的语言功能区Wernicke’s area存在一定的重合。一直以来,颞平面被认为是人脑皮层中结构偏侧化最明显的脑区。同时,由于广泛存在的言语和语言网络的左偏侧化,颞平面的偏侧化更被研究者与人类独特的语言能力相关联。

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