记第一个Shiny应用obsBrain
Shiny是一项RStudio开发支持的交互式网页技术,基于此技术,可以用R语言相对轻松地实现交互式网页应用。由于其轻便、易学和交互式特点,该技术尤其适用于在学术发表的同时,交互式呈现数据科学分析结果,以方便读者更好地查看和理解研究方法和研究结果。
在以往自己的数据计算中,Python占了主导。不过从2016年下半年到现在的实验室之后,更多的时候采用R完成数据计算,深知其便捷性。期间对Shiny也有一些接触,不过属“点头之交”:大致晓得其基本功能,但没来得及深入学习。于是,趁着圣诞和新年假期,具体学了一下Shiny应用的实现,并结合目前的研究兴趣得到的第一个应用。
在这个应用中主要实现了一下几个功能:
- 可视化人脑基因表达的空间分布
- 汇集和展示ENIGMA多中心合作项目在多个研究中的主要结果(并呈现其与基因表达的空间相关分析结果)
- 提供一个方便使用的可视化工具
所有这些功能均基于FreeSurfer提供的Desikan–Killiany图谱(半脑分为34个脑区),这也是目前ENIGMA多中心合作项目使用最多的脑分割图谱。暂且将其命名为obsBrain,全称为Observatory of Brain。
该应用目前已发布到网络,可以通过如下链接访问:
https://conxz.shinyapps.io/obsbrain/
此外,所有数据准备和具体应用实现相关代码和数据均已发布在GitHub,可以通过如下链接访问:
https://github.com/Conxz/obsBrain
关于该应用的更多细节,可以参见README.md文件。同时欢迎感兴趣的同行联系交流(联系方式见README.md)。
- Blog Link: http://conxz.net/2018/12/27/obsBrainApp/
- Copyright Declaration: The author owns the copyright (CC BY-NC-ND 4.0).