多体素模式分析(multi-voxel pattern analysis, MVPA)是一种基于机器学习理论发展出来的一种功能磁共振数据分析技术,简单说,就是通过多个体素的信息融合在一起用于后续的预测等统计分析。具体实现上,PyMVPA是研究者常用的一个工具包。下面记录PyMVPA安装步骤,备查。

系统环境:Centos 5.7 64bit 非root用户

Scipy安装方法类似,主要涉及如下命令:

# pip install --user pymvpa2

如果安装顺利,会显示如下文字,表示安装完成:

Successfully installed pymvpa2
Cleaning up...

但是,更多的可能会碰到如下问题:

unable to execute 'swig': No such file or directory
error: command 'swig' failed with exit status 1

这个报错说明需要首先另外安装这个叫swip的工具,实际上,SWIG可以允许一些脚本语言调用C/C++语言的接口。支持的语言有:Perl, Python, Tcl, Ruby, Guile, and Java。在PyMVPA中主要就是涉及与Python的对接了。安装SWIP步骤如下:
首先下载最新版本的安装包 http://www.swig.org/download.html,放到某个目录下。然后依次执行如下命令:

# tar -xzvf swig-3.0.2.tar.gz
# ./configure --without-pcre --prefix=/nfs/j3/userhome/sean/opt/
# make
# make install

其中,第一行将压缩包解压;
第二行中,前面的参数--without-pcre表示忽略Perl-compatible regular expression library,后面的参数--prefix用于指定后续安装的目录,因为这里是非root用户安装,需要指定一个自己有读写权限的目录;
第三、四行用于完成编译安装,显示Installation complete。
此时,重复PyMVPA的安装命令即可。