最近的工作涉及到获取两个脑区的mask：Fusiform Gyrus和Entorhinal Cortex。考虑到被试间的结构变异，决定采用Freesurfer针对被试的T1像分割的结果，其中主要涉及到recon-all这个命令。

在每个被试分割生成的结果中有两个分割方案，分别是aparc.annot[图]和aparc.a2009s.annot[图]。查看一些材料后，发现在要获取的mask上，两个分割方案存在一些差别。其中，aparc.annot中有单独的Entorhinal Cortex，而在aparc.a2009s中则将其融合进了旁海马的结构中，这样为了获取Entorhinal Cortex，可以从aparc.annot中获取；这对Fusiform Gyrus，在aparc.annot中存在一个Fusiform Cortex，即包括了Gyrus和Sulcus的结构，而在aparc.a2009s.annot中则把Gyrus和Sulcus做了区分，这样Fusiform Gyrus就可以从aparc.a2009s.annot中获取了。

接下来简单的记录一下从label到mask的操作过程（以Entorhinal Cortex为例）：

首先将aparc.annot中的label分离开来。

mri_annotation2label -–subject S0001 -–hemi lh -–outdir ./labels

接下来获取变换矩阵，这里以被试自己的结构像为目标（也可以功能像或者diffusion空间为目标）。

tkregister2 -–mov rawavg.mgz -–noedit -–s S0001 -–regheader -–reg ./register.dat

然后就可以根据变换矩阵将某个label转换成指定空间的mask了。关于每个参数的意义可以查看mri_label2vol –help。这里简答说一下–proj这个参数，他后面的赋值的格式是type start stop delta，其中type可以是abs或frac。frac 0 1 0.1 可以得到相应label对应的所有灰质；而abs -3 -2 0.1 则可以得到灰白质交界面2mm之下的mask，这个mask的厚度是1mm。

mri_label2vol -–label ./labels/lh.entorhinal.label -–temp rawavg.mgz -–subject S0001 -–hemi lh -–o lh_entorhinal.nii.gz -–proj frac 0 1 .1 -–fillthresh .3 -–reg ./register.dat

最后就可以采用可视化工具，比如fslview查看结果了。

参考链接：

  1. http://brainybehavior.com/neuroimaging/2010/05/converting-cortical-labels-from-freesurfer-to-volumetric-masks/
  1. http://blog.sciencenet.cn/blog-70715-590312.html